Se i messaggi di posta certificata vengono spediti tra 2 caselle di posta certificate:

Il mittente possessore di una casella di PEC, qui rappresentato in figura da un colore rosso, invia un messaggio ad un altro utente certificato (passo 1), il messaggio viene raccolto dal gestore del dominio certificato che lo racchiude in una busta di trasporto e vi applica una firma elettronica (passo 2) in modo da garantire inalterabilità e provenienza.

Fatto questo, indirizza il messaggio al gestore di PEC destinatario che verifica la firma e lo consegna al destinatario (passo 3). Una volta consegnato il messaggio il gestore PEC destinatario invia una ricevuta di avvenuta consegna (passo 4 e 5) all´utente mittente che può essere quindi certo che il suo messaggio è giunto a destinazione.

Durante la trasmissione di un messaggio attraverso 2 caselle di PEC vengono emesse altre ricevute che hanno lo scopo di garantire e verificare il corretto funzionamento del sistema e di mantenere sempre la transazione in uno stato consistente.

Se i messaggi di posta certificata vengono spediti tramite PEC ma ricevuti tramite posta tradizionale:

La trasmissione viene considerata posta certificata solo se le caselle del mittente e del destinatario sono caselle di posta elettronica certificata.

Se una delle caselle coinvolte nella trasmissione non è una casella di PEC si viene a perdere il valore della trasmissione e il sistema potrà fornire solo una parte delle funzionalità di certificazione previste; in questo caso, per esempio, non viene fornita la ricevuta di avvenuta consegna.